La ubicación de Muluncay Grande en una zona de transición entre la cordillera de los Andes y la región costera le otorga una biodiversidad particular, con especies típicas de zonas montañosas y subtropicales.
Bosques Montañosos
Los alrededores de Muluncay Grande están cubiertos por bosques montañosos secundarios con vegetación diversa. Entre los árboles más representativos se encuentran el laurel, el cedro y el guayacán. Estos bosques cumplen una función ecológica importante y son fuente regulada de madera, con restricciones para preservar el entorno.
Cultivos Agroforestales
Los cultivos de café y cacao se integran en los ecosistemas naturales, aprovechando la sombra de árboles autóctonos. Esta coexistencia entre cultivos y vegetación nativa contribuye a la producción agrícola y ayuda a conservar la biodiversidad al mantener hábitats para diversas especies.
Fauna Silvestre
Los mamíferos pequeños tienen un papel fundamental en el ecosistema local. Es común encontrar especies como el armadillo, el zorro y la guatusa (Dasyprocta punctata), que habitan los bosques y campos abiertos de la parroquia.